Сперва расскажу не много о том, что из себя представляет эта утилита и для чего она.

SSH (англ. Secure Shell — «безопасная оболочка») — сетевой протокол прикладного уровня, позволяющий производить удалённое управление операционной системой и передачу файлов. Сходен по функциональности с протоколами Telnet и rlogin, но, в отличие от них, шифрует весь трафик, включая и передаваемые пароли. SSH допускает выбор различных алгоритмов шифрования. SSH-клиенты и SSH-серверы имеются для большинства операционных систем.

Putty - это популярный SSH-клиент и Telnet (Telnet тот же SSH, только без зашифрованной передачи данных (пакетов)), т.е. программа для безопасного подключения к удаленному компьютеру (или к серверу) и выполнения на нем различных команд.Putty ведет логи, позволяет настраивать шрифты, цвета и разрешение консоли, допускает сохранение в своей памяти ключей авторизации, поддерживает работу через прокси-сервер. При этом утилита является бесплатной в распространении.

Для того, чтобы начать работу с Putty скачайте её с официального сайта здесь. Работает Putty без инсталляции, что радует. Документацию по программе вы можете найти здесь (правда она на английском) и читайте FAQ по ней (опять же на английском) здесь.

Ну допустим Вы скачали программу. Для начала работы запустите файл putty.exe.
Перед вами появится окно.

В поле Host Name(or IP address) вводите имя вашего домена (например neshhadim.com) или IP в зависимости от высланных Вам реквизитов доступа по SSH-протоколу. Порт оставляйте 22. В поле Saved Sessions введите любое имя сессии (коннекта). Например: neshhadim.com. И нажмите Save.

После этого войдите в SSH в меню слева и перед Вами появится окно. Выберите протокол SSH версии 2 only. Чтобы соединиться с сервером, нажмите Open. В принципе даже если Вы не выставили 2 only и не написали название коннекта Saved Sessions перед Вами появится окно где будет запрос на ввод логина и пароля.

В поле login as вводите высланный Вам логин для доступа по SSH и жмите Enter. После чего появится надпись Password. Вводите высланный Вам пароль для доступа по SSH. Не пугайтесь во время ввода пароля на экране ничего не отображается (ни звёздочек, ничего подобного). Просто после того как Вы закончили вводить пароль нажмите Enter.
Если логин и пароль введены верно произойдёт подключение к серверу и Вы попадете в командную строку Unix.

Рассказать о всех командах будет сложно поэтому напишу лишь несколько полезных команд:

man [имя команды] - выдаст подробную информацию по команде. Например: man mv

ls - список файлов;
ls -lha - покажет все файлы (включая скрытые), размер файлов, права на них, дату последнего изменения;
ls -lha | less - позволит просматривать файлы постранично (если их много);

mv - переименовать и перенести
rm - удалить
cp - копировать
> - очистка файла. Например можно применить к файлам логов. ( > access.log, > error.log, > combined.log)
mc - что-то вроде Нортон Командера, в котором удобно работать с файлами, а также возможно работать с ними по ftp (ftp внутри ssh)

Желаю удачи в работе!